RNA次世代基因定序(NGS) - 辨認NTRK基因融合的最佳方法
如何鑑定NTRK基因融合？
*免疫組織化學染色法 vs 螢光原位雜交 vs 逆轉錄聚合酶鏈反應 vs 次世代基因定序
NTRK基因融合可以用作泛癌症TRK抑製劑的生物標記。透過生物標記的伴隨式診斷，臨床醫生能夠預測標靶藥物對那些可能在泛癌症中致癌的罕見基因變異的作用。通常用於鑑定NTRK基因融合有四種，分別為免疫組織化學染色法（IHC），螢光原位雜交（FISH），逆轉錄聚合酶鏈反應（RT-PCR）和次世代基因定序（NGS）。
免疫組織化學染色法（IHC）能視化在癌症組織中的相關蛋白。螢光原位雜交（FISH）使用螢光探針檢測基因中的斷裂點。逆轉錄聚合酶鏈反應（RT-PCR）能擴增已知的RNA融合逆轉錄進行檢測。而次世代基因定序（NGS）技術是一種大規模的平行測序，可以對已知和新型的基因融合進行測序。
以下是不同檢測方法的比較：
偵測 優點 缺點
免疫組織化學染色法（IHC method） TRK蛋白質表達，由NTRK基因融合驅動
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快速結果
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較低成本
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TRK蛋白還可在組織中快速生長，而無需NTRK基因融合
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無法確定基因融合的配偶體和斷點
螢光原位雜交（FISH method） 染色體上的易位，擴增或缺失
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快速結果
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較低成本
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無法確定基因融合的配偶體和斷點
需要經驗豐富且合格的病理學家進行額外的工作才能仔細解釋測試結果
逆轉錄聚合酶鏈反應（RT-PCR method） 具有NTRK基因融合組合的特定融合轉錄組
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相對較高敏感的測試
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可用於大多數遺傳基因實驗室
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無法檢測到基因融合的新配偶體
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難以擴大較大的內含子
次世代基因定序（NGS testing） 基因融合的配偶體和任何NTRK基因中的位置
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全面及高通量
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多路複用測試的潛力
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相對較貴
為甚麽我們應該考慮基於RNA的NGS來鑑定NTRK基因融合？*
基於RNA和DNA的次世代基因定序（NGS）都能夠針對不同的融合標靶進行復用檢測。但由於RNA次世代基因定序（NGS）具有能直接檢測融合基因轉錄的能力，所以優先選用於鑑定NTRK基因的融合。同時，RNA次世代基因定序（NGS）避免了對NTRK基因融合相關的較大內含子區段進行測序的困難。加上與DNA次世代基因定序（NGS）相比，它還具有更快的測序過程。它的檢測精度會因文庫制備方法的選擇而異，例如，基於雜合的捕獲或基於擴增子的方法。
為甚麽選擇Codex進行NGS檢測？
Codex使用次世代基因定序（NGS）技術提供全面的癌症檢測，可幫助鑑定523個與癌症相關的基因和9種癌症相關的基因變異。CoGenesis®Bioinformatics平台能夠全面及準確的進行數據分析，並提供了AI輔助的基因組變異配對。該平台具有完全充分的可擴展性，並縮短了計算時間，提高了檢測復雜生物的檢測性能。
Codex的實驗室正在使用最新的定序儀 – Illumina NextSeq 2000，用於次世代基因定序（NGS）。它簡化了測序工作流程，並最大限度地減少了對其他資源的需求。因此，減少了序列的周轉時間。
Codex Genetics應用基於DNA和RNA雜合的方法來檢測各種NTRK基因融合。這種方法使我們能夠檢測大量的基因和基因組區段，同時可以為檢測新型基因融合的配偶體提供了高水平的靈敏度。
