RNA次世代基因定序(NGS) - 辨认NTRK基因融合的最佳方法
*如何鉴定NTRK基因融合？ *
*免疫组织化学染色法 vs 萤光原位杂交 vs 逆转录聚合酶链反应 vs 次世代基因定序
NTRK基因融合可以用作泛癌症TRK抑制剂的生物标记。透过生物标记的伴随式诊断，临床医生能够预测标靶药物对那些可能在泛癌症中致癌的罕见基因变异的作用。通常用于鉴定NTRK基因融合有四种，分别为免疫组织化学染色法（IHC），萤光原位杂交（FISH），逆转录聚合酶链反应（RT-PCR）和次世代基因定序（NGS）。
免疫组织化学染色法（IHC）能视化在癌症组织中的相关蛋白。萤光原位杂交（FISH）使用萤光探针检测基因中的断裂点。逆转录聚合酶链反应（RT-PCR）能扩增已知的RNA融合逆转录进行检测。而次世代基因定序（NGS）技术是一种大规模的平行测序，可以对已知和新型的基因融合进行测序。
以下是不同检测方法的比较：
侦测 优点 缺点
免疫组织化学染色法（IHC method） TRK蛋白质表达，由NTRK基因融合驱动
-
快速结果
-
较低成本
-
TRK蛋白还可在组织中快速生长，而无需NTRK基因融合
-
无法确定基因融合的配偶体和断点
萤光原位杂交（FISH method） 染色体上的易位，扩增或缺失
-
快速结果
-
较低成本
-
无法确定基因融合的配偶体和断点
需要经验丰富且合格的病理学家进行额外的工作才能仔细解释测试结果
逆转录聚合酶链反应（RT-PCR method） 具有NTRK基因融合组合的特定融合转录组
-
相对较高敏感的测试
-
可用于大多数遗传基因实验室
-
无法检测到基因融合的新配偶体
-
难以扩大较大的内含子
次世代基因定序（NGS testing） 基因融合的配偶体和任何NTRK基因中的位置
-
全面及高通量
-
多路复用测试的潜力
-
相对较贵
为什么我们应该考虑基于RNA的NGS来鉴定NTRK基因融合？ *
基于RNA和DNA的次世代基因定序（NGS）都能够针对不同的融合标靶进行复用检测。但由于RNA次世代基因定序（NGS）具有能直接检测融合基因转录的能力，所以优先选用于鉴定NTRK基因的融合。同时，RNA次世代基因定序（NGS）避免了对NTRK基因融合相关的较大内含子区段进行测序的困难。加上与DNA次世代基因定序（NGS）相比，它还具有更快的测序过程。它的检测精度会因文库制备方法的选择而异，例如，基于杂合的捕获或基于扩增子的方法。
*为什么选择Codex进行NGS检测？ *
Codex使用次世代基因定序（NGS）技术提供全面的癌症检测，可帮助鉴定523个与癌症相关的基因和9种癌症相关的基因变异。 CoGenesis®Bioinformatics平台能够全面及准确的进行数据分析，并提供了AI辅助的基因组变异配对。该平台具有完全充分的可扩展性，并缩短了计算时间，提高了检测复杂生物的检测性能。
Codex的实验室正在使用最新的定序仪 – Illumina NextSeq 2000，用于次世代基因定序（NGS）。它简化了测序工作流程，并最大限度地减少了对其他资源的需求。因此，减少了序列的周转时间。
Codex Genetics应用基于DNA和RNA杂合的方法来检测各种NTRK基因融合。这种方法使我们能够检测大量的基因和基因组区段，同时可以为检测新型基因融合的配偶体提供了高水平的灵敏度。
